灵芝主要产于中国、朝鲜半岛和日本。由于野生灵芝数量稀少,且其质量难以控制,人工种植成为市场的主要来源。目前,中国海南岛是灵芝的主要生产地区,兼具丰富的菌种资源。此外,福建省厦门因其成功的人工栽培而闻名。而在台湾,灵芝的研究主要集中在台北、石碇与花莲等地。
全球灵芝科的种类广泛分布于亚洲、澳洲、非洲及美洲的热带和亚热带地区,而温带地区则较为稀少。位于北半球温带的欧洲仅有四种灵芝分布,北美洲也仅有大约五种。因为中国的地理位置跨越热带至寒温带,所以国内的灵芝种类多样且分布广泛。
中国灵芝类真菌的自然分布具有显著地区差异,东南部灵芝种类丰富,而西北部则相对较少。根据地形地貌和生态环境的特点,从东北部的大兴安岭向南的西藏东南部画一条斜线,可以清晰地划分出灵芝的两大分布区域。在斜线以西,由于干旱及高寒等因素,缺乏灵芝的生长条件,主要只有树舌和灵芝分布。在青海、新疆和宁夏的地区,常见的灵芝几乎未被发现。赤芝则主要分布在长白山及台湾地区,其中长白山灵芝和台湾樟芝尤为有名。
灵芝的人工栽培主要集中在华东、西南地区,以及吉林、河北、山西、浙江、江西、广东、广西等地,销量遍及全国。
紫芝的人工栽培则主要分布在浙江、江西、湖南、四川、福建、广西和广东等地。
《本草纲目》及宋朝唐慎薇的《重修政合经书证类备用本草》中均对灵芝的生长环境有详细描述。有记载称:“赤芝生霍(庐)山,青芝生泰山,黄芝生嵩山,白芝生华山,黑芝生常山,紫芝生高山夏峪”。其中提到的“霍山”即为现今湖北、河南、安徽三省交界的大别山区,因此庐山和大别山被认为是赤芝的发源地。这些地方位于华东和中原的交界,恰好在淮河上游,也正是中国南北气候的分界线。
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